Der kunsthistorische Wert der heute im Kunstmuseum Basel untergebrachten Bachofen-Burckhardt-Stiftung wurde im Laufe ihrer hundertjährigen Geschichte recht unterschiedlich beurteilt.
1922 schrieben die «Basler Nachrichten» anlässlich der Eröffnung der Dauerausstellung:
«Sonntag den 10. September wurde das Haus J. J. Bachofen-Burckhardt dem Publikum geöffnet. Dadurch ist die Sammlung Bachofen allgemein zugänglich geworden, die in Basel und auswärts einen Ruf genoss und auf deren Besichtigung mit einer gewissen Ungeduld gewartet worden ist.»
1914 würdigte Paul Ganz, Konservator der Öffentlichen Kunstsammlung, die zahlreichen Gemälde mit ehrfürchtigen Worten:
«Die Öffentliche Kunstsammlung hat durch eine Schenkung so ungewöhnlich reichen Zuwachs erhalten, dass die Bestände der Gemäldegalerie künftig um ein Viertel vermehrt werden. Mehr als dreihundert Bilder zählt heute die kostbare Sammlung. … Die wichtigste Abteilung der Basler Gemäldegalerie … ist die … Sammlung von Werken der oberdeutschen Kunst. Sie wird um eine glänzende Reihe hervorragender Bilder vermehrt und gestaltet sich durch den starken Zuwachs zu einer Übersicht über die deutschen Malerschulen von den Anfängen des XV. Jahrhunderts bis an die Schwelle der Neuzeit. … Die unbedeutende Abteilung der niederländischen Malerei wird durch die Bachofen-Stiftung ums Dreifache vermehrt und erhält durch die bedeutende Zahl von Werken der verschiedensten Meister und Schulen, sowie die künstlerische Qualität, eine selbständige Bedeutung. Am sichtbarsten ist der Zuwachs bei den schwächsten Abteilungen der Kunstsammlung, bei den Italienern und Franzosen; erst mit den Beständen der Stiftung gewinnen die wenigen vereinzelten Stücke, die durch Schenkung zufällig zusammen kamen, etwelches Interesse.»
Bereits 1922 erklärte jedoch Heinrich Alfred Schmid, ebenfalls Konservator der Öffentlichen Kunstsammlung Basel, in wesentlich kritischerem Ton:
«Man fühlt es diesem Teil der Sammlung besonders an, dass sie ursprünglich zum Schmuck von Privathäusern bestimmt war und dass in den glücklicheren Fällen zwar ein feiner Sinn für intime Reize, nicht aber eine stürmische Eroberungslust, der die großen Bahnbrecher gerade noch gut genug gewesen wären, die Auswahl geleitet hat.» Schmid beklagt vor allem das Fehlen der Hauptmeister der südlichen und nördlichen Niederlande, Rubens und van Dyck, Frans Hals, Rembrandt und Vermeer van Delft: «Was unter diesen Namen geschenkt wurde, kann in einer öffentlichen Galerie die Bezeichnung nicht aufrechterhalten. … Mit der zunehmenden Kenntnis des europäischen Kunstbesitzes und der Verfeinerung unserer Beobachtungsmethode ist freilich so manches früher geschätzte Werk als offenbare Kopie oder Fälschung ins Depot gestellt worden.» Abschliessend urteilt Schmid: «Aber neue Schenkungen kamen hinzu und aus der Masse des Überkommenen hat sich nun eine kleine aber wertvolle Sammlung von Originalen zusammengefunden.»