Die einzigartige Familiengalerie entstand innerhalb von etwa 200 Jahren und war in einigen der schönsten Häuser Basels untergebracht. Fünf aufeinander folgende Generationen der Familie Bachofen waren an ihrer Entstehung beteiligt und erwarben die einzelnen Bilder nicht selten unter Mithilfe von anerkannten Kunstexperten. Ihre Bekanntheit war bereits zu Beginn des 19. Jahrhunderts so gross, dass sich selbst der K. K. Staatskanzler Fürst Metternich dafür interessierte.
Die Anfänge der Bachofenschen Privatsammlung reichen bis in das frühe 18. Jahrhundert zurück. Damals führte die Blüte von Handel und Industrie zu wachsendem Wohlstand und einer regen Bautätigkeit in Basel, das sein Erscheinungsbild so nach und nach dem französischen «Goût» und «Bel Esprit» anpasste. Aber auch das Innere verlangte nach einer neuen Ausstattung. Die modisch-eleganten Räume der prächtigen neuen Stadtpalais und Landhäuser machten eine künstlerische Ausschmückung unabdingbar. So ist es kein Zufall, dass sich nahezu sämtliche Bauherren dieser Epoche auch als Kunstsammler betätigten. Im Gegensatz zu ihren Vorgängern des 16. und 17. Jahrhunderts, die mit ihren Kuriositätenkabinetten und Wunderkammern dem Ideal des «uomo universale» nacheiferten, orientierten sich die Basler Kunstsammler des 18. Jahrhunderts hauptsächlich am verfeinerten Pariser Kunstverständnis.
Der Aufbau der Kunstsammlung ist eng verknüpft mit dem Prosperieren der Bachofenschen Bandfabrik. Lionel Gossman, emeritierter Professor der Universität Princeton und Kenner der Intellektuellengeschichte Basels, bemerkte dazu:
«Das Bachofensche Familienunternehmen scheint besonders gut geführt worden zu sein. Es überstand die ökonomischen Krisen der Revolutionsperiode, der Kontinentalsperre und des 19. Jahrhunderts, und wurde erst 1906 aufgelöst, als die Familie keine männlichen Nachkommen mehr hervorgebracht hatte. Der Erfolg von Bachofen-Strubs Sohn, Martin Bachofen-Heitz, öffnete den Bachofens den Zugang zur Elite durch das übliche Netzwerk von Heiraten. Eine von Martins Töchter heiratete einen Merian, eine Zweite einen Burckhardt, während sein einziger Sohn Johann Jakob (II) Helena Burckhardt ehelichte, die Tochter des Bandfabrikanten und späteren Bürgermeisters, Peter Burckhardt-Forcart.»
Schliesslich gilt es noch hervorzuheben, dass die Bachofens zwischen 1791 und 1806 keine Kunstankäufe tätigten und darauf verzichteten von der Bedrängnis vieler adliger Familien durch das französische Revolutionsgeschehen zu profitieren, die damals insbesondere in Basel zu einem Boom des Kunsthandels führte.